基孔肯雅病毒主要通过携带病毒的伊蚊叮咬传播，最常见的是埃及伊蚊和白纹伊蚊。当蚊虫叮咬了感染者2—10天后，再叮咬人时，可使被叮咬者感染。

　　“人→蚊→人” 传播链是基孔肯雅热的核心传播模式。患者在发病后第1周内，病毒血症水平高，通过蚊虫叮咬传播的风险高，但该病毒不会通过日常接触引发人际传播，也不会通过咳嗽、打喷嚏传播。

　　若感染者血液中病毒载量高，病毒还可通过输入感染者血液或意外接触感染者血液而传播。极少数情况下，孕妇感染后，病毒可通过胎盘导致宫内胎儿感染。若母亲临近分娩处于病毒血症期，也可发生分娩时传播，导致新生儿感染。